La cryptographie a pour but d'assurer la sécurité des données, en les chiffrant afin de les rendre incompréhensibles sans l'usage d'une clé de déchiffrement . L'exponentielle modulaire intervient dans les algorithmes de la cryptographie à clé publique, car l'exponentielle modulaire est considérablement plus facile à calculer que son inverse, le logarithme modulaire. Le système de chiffrement à clé publique RSA a été proposé en 1977 par Ron Rivest, Adi Shamir et Leonard Adleman.
Pour construire ses clés, chaque utilisateur de RSA
Quand A veut communiquer un entier m (0<m<n) à B, il calcule CB(m) à l'aide de la clé publique de B, qu'il envoie à B ; à la réception d'un message chiffré c, B calcule DB(c) à l'aide de sa clé privée. Il s'agit bien d'un déchiffrage car , grâce au théorème d'Euler si m est premier avec n, et au fait que .
La sécurité provient de la difficulté à factoriser de grands entiers. En effet, déterminer d à partir de e demande la connaissance de (p-1)(q-1); or la publication de n=pq n'est en aucune façon une aide pour calculer (p-1)(q-1), qui ne peut être obtenu qu'à partir de p et q. D'autre part, on ne sait pas calculer efficacement des racines e-ièmes, ce qui permettrait d'avoir le texte clair m à partir du texte chiffré C(m).